苹果公布 SimpleDesign 蛋白质设计模型，可联合生成序列与三维结构

IT之家 9 月 12 日消息，苹果公司的研究人员本月初公布了一项名为 SimpleDesign 的蛋白质设计模型，相关研究论文以预印本形式发布在 arxiv 上。 该模型能够联合生成蛋白质的氨基酸序列和三维结构，采用直接在原始数据上训练的方式，省去了传统多阶段训练流程中的中间表示转换环节。 研究人员在论文中提到，现有不少蛋白质联合设计模型需要先训练自编码器，将蛋白质结构转换为离散的潜在表示，再训练生成模型处理这些表示。SimpleDesign 直接使用氨基酸序列和连续三维坐标进行端到端训练。 这项研究延续了苹果此前 SimpleFold 项目的技术思路。SimpleFold 通过流匹配模型，根据氨基酸序列直接预测蛋白质三维结构。SimpleDesign 则将这一简化架构扩展至蛋白质设计任务，不仅预测结构，还尝试同时生成能够形成相应结构的氨基酸序列。 研究团队使用了超过 200 万组蛋白质序列与结构配对数据，主要来自 AFESM...